Yuval Noah Harari lahir seorang dari tiga adik beradik dalam keluarga Yahudi Sekular di Kafrita, Daerah Haifa di entiti Israel, ayahnya Shlomo Harari seorang jurutera upahan dalam sebuah syarikat senjata api manakala ibunya Pnina Harari seorang pegawai kerajaan.[1][9][10]

Beliau menundakan pengerahan wajib dalam Angkatan Pertahanan Israel agar dapat memasuki rancangan pengajian rizab tetapi dikecualikan kemudian atas faktor kesihatan.[1] Beliau mengaji sejarah dan hubungan antarabangsa di Universiti Ibrani Baitulmaqdis pada usia 17 tahun.[11] Beliau mengkhusus pengajian sejarah zaman pertengahan dan sejarah ketenteraan 1993-8 di sana. Beliau menyempurakan Kedoktoran falsafah di Jesus College, Oxford di bawah Steven J. Gunn tahun 2002; di sanalah beliau membaca penulisan Jared Diamond, terutamanya buku Guns, Germs, and Steel yang memutuk minatnya kepada penulisan sedemikian.[1][12] Beliau menjadi Felo Yad Hanadiv dalam bidang sejarah jurusan pascadoktor tahun 2003-5.[13]